Filmul Kanyakumari Express îl urmărește pe comisarul adjunct de poliție Mohan Sanker (Suresh Gopi). După ce își pierde soția și copiii într-un accident, acesta se transferă la Brigada de Crimă Organizată în speranța unei vieți mai liniștite. Deși schimbarea este privită cu ochi buni de unii politicieni, Mohan își continuă activitatea în secret, fără a purta uniformă. În timp ce desfășoară cercetări asupra templelor din Kerala și Nanchinad, dușmanii săi încep să moară unul câte unul. Prim-ministrul (Jagathy Sreekumar), crezând în mod eronat că Mohan este responsabil pentru aceste decese, începe propria anchetă asupra crimelor.
